六月十六日，联军探部送来特急信报，李傕等攻陷长安。成公英等得到田敏通知聚到督护府和韩遂一同看信报。
五月十日（公元192年6月7日），朝廷大赦天下。
夏四月，百万青州黄巾军杀入兖州，杀任城相郑遂。消息传到长安，王允以荀攸出任任城国国相，但道路阻断，无法就任。于是转任蜀郡太守，据信荀攸前往荆州，等待机会从荆州进入益州。
在长安的大臣觉得，王允做为诛杀董卓的首功之臣，天天得到朝廷嘉赏、听闻大臣称赞，显然飘然起来，似乎对任何人、事毫不在意了。
每当群臣集会，王允很少像以前那样和众臣推心置腹、共商国事，而是正襟危坐，面无和悦之色，摆出一付宰相官架子。
群臣渐渐也不再像从前那样推崇和拥护王允了。
最让士人寒心的是蔡邕之死。
董卓被杀，蔡邕发出一声叹息，王允勃然大怒，严厉指责蔡邕，不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。
蔡邕有口难辩，为续写汉史，便陈辞谢罪，自愿承受刺剑削足的酷刑以保全余生。士大夫们设法营救蔡邕，毫无效果。
太尉马日磾替蔡邕说情，王允根本不听劝告，蔡邕最后冤死狱中。
之后，文武百官和士大夫对蔡邕的死议论纷纷，王允这才真正明白蔡邕的确罪不及死，后悔莫及。
大臣们觉得王允在如何安排和处理董卓旧部上极不慎重，反复无常。
彼先是想全部赦免董卓的部下，吕布也多次相劝，可继而王允又对群臣解释道：“本来，彼等是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。现在如果给彼等突然加上恶逆的罪名，再特定赦免之，恐怕反而使之猜疑恐惧，心理承受不了。所以，赦免彼等无罪不是使之安心的上上之策，还不如让彼等承受惩罚。”
吕布提议把董卓的财物赏赐公卿、将校，以稳人心，王允又不准。
王允平日却看不起吕布，以剑客对待彼。吕布也认为自己有盖世功劳，自吹自擂，当然得不到王允好脸相待。
朝臣都看得出吕布甚为不得意，视王允目光已不似从前那样仰敬了。
五月二十日（公元192年6月17日），朝廷任命征西将军皇甫嵩为车骑将军。
有人向司徒王允建议派皇甫嵩统领董卓旧部，并长期留驻弘农郡陕县进行安抚。
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